Indikaattoribakteerien resistenssi

Terveiden eläinten suoliston normaaliin mikrobistoon kuuluvien, nk. indikaattoribakteerien resistenssin katsotaan kuvaavan mikrobilääkkeiden käytön aiheuttamaa vastustuskykyisten tyyppien valintapainetta. Indikaattoribakteerit voivat ylläpitää resistenssitekijöiden (geenien) varastoa, josta tekijät voivat sopivissa olosuhteissa siirtyä tauteja aiheuttaviin bakteereihin.

FINRES-Vet-ohjelmassa tutkitaan tuotantoeläinten suolistosta eristettyjen Escherichia coli - bakteerien (ja vuoteen 2013 asti myös  Enterococcus faecalis - ja Enterococcus faecium -bakteerien) mikrobilääkeresistenssiä. Bakteerit eristetään teurastamoilta kerättävistä suolinäytteistä vuorovuosina broilereista, naudoista ja sioista. Näytteitä otetaan suhteessa eläinten teurastusmääriin; mukana olevissa teurastamoissa teurastetaan 85–100 % Suomessa teurastettavista eläimistä. Näytteitä kerätään eri tiloilta peräisin olevilta eläimiltä (naudat ja siat) tai eri kasvatuseristä (broilerit).