2017

12.10.2017 Eviras Vetenskapsdag

Djursjukdomar och växter
Ordförande specialforskare, VMD Tuija Kantala, virologi.

Fågelinfluensa
Specialforskare Niina Tammiranta, virologi

Högpatogen fågelinfluensa av typen H5 (HPAI H5) påträffades efter en paus på ett par år från och med hösten 2016 i rikliga mängder i Europa. Merparten av fallen har orsakats av viruset H5N8. Fram till början av oktober har konstaterats sammanlagt drygt 2800 fall i sammanlagt 30 länder. Bland vilda fåglar har fall förekommit hos mer än 50 olika fågelarter. I Finland har konstaterats sammanlagt 17 fall, av vilka 16 gällt vilda fåglar och ett fall en fågelpark. I Finland följs fågelinfluensan fortlöpande upp inom ramen för EU-övervakningsprogrammet, undersökningar av misstänkta fall och importtestningar.

Vad nytt om antibiotikaresistensen?
Forskare Joahanna Muurinen, riskvärdering

Den allt allmännare antibiotikaresistensen dvs. bakteriernas förmåga att motstå antibiotikans inverkningar utgör ett enormt hot mot hela mänskligheten. Denna resistensegenskap finns i bakteriernas genom, i generna som kodar de proteiner som krävs för motståndskraften och som bakterierna horisontalt kan överföra till andra bakteriearter. Nya resistensgener kan också utvecklas som en följd av mutation, till exemplen då bakterien exponeras för ett ämne som är skadligt för den. Merparten av antibiotikan är molekyler som bakterier som lever i marken producerar och dessa bakterier är resistenta mot ämnena de syntetiserar. En tesked vanlig jord kan således innehålla otaliga bakterier som är resistenta mot antibiotika.

Hur kommer då resistensgenerna från miljön till sjukhuset?

Bakterier kan överföra gener horisontalt med hjälp av antingen transformation, transduktion eller konjugation. Vid transformation tas gener upp i bakteriecellens DNA direkt från miljön. Ettan på WHO:s prioritetslista, Acinetobacter baumannii som är resistent mot karbapenenemer, har till exempel skaffat sin resistens med hjälp av transformation. Vid transduktion överför fagerna DNA och vid konjugation överför bakteriecellen DNA till en annan via fysisk kontakt. Bakteriernas förmåga att anpassa sig till olika former av stress ökar såväl genernas rörlighet som mutationen.

I januari 2017 rapporterades man att karbapenemresistens hade påträffat på en svingård i USA fastän karbapenemer inte används för produktionsdjur någonstans i världen. Forskarna misstänkte att användning av kefalosporiner gallrar ut bakterier som producerar karbapenemaser. Den världsberömda kolistinresistensen hade spritt som överallt i världen redan i åratal innan kinesiska forskare letade efter kolistinresistenta bakterier på svingårdarna. Nu har mrc-1-genen som ger kolistinresistens redan påträffats i 25 länder på fyra kontinenter. I Danmark påträffades den år 2015 i såväl ett resistensuppföljningsprov som hos en patient, men endast för att forskarna kom på att leta efter denna gen. Innan dessa fynd ingick uppföljning av kolistinresistensen inte de nationella resistensuppföljningarna. I juli publicerades en artikel där man genom att undersöka MRSA:s evolutionshistoria påvisade att MRSA förekom redan 14 år innan meticillinet togs i användning. I en undersökning har man sekvenserat historiska stammar på nytt och konstaterat att Staphylococcus aureus -stammarna bar på mecA -genen redan innan man visste om att en sådan existerade. Det innebär att bakterier kan vara resistenta mot nya antibiotika redan innan dessa tas i användning.

Förekomsten av bakterien Brucella suis i den finska vildsvinspopulationen
Specialforskare Teresa Skrzypczak, djursjukdomsbakteriologi och patologi

Bakterien Brucella konstaterades hos två vildsvin för första gången i Finland sommaren 2015. Bakteriestammarna bekräftades vara bakterien Brucella suis biovar 2. Bakterien påträffades i vildsvin som fällts i östra Finland. Prover av vildsvinen hade sänts in för undersökning med tanke på afrikansk svinpest. B. suis bv. 2-infektion förekommer rätt allmänt bland vildsvin och hardjur i Europa. Bakterien kan ge upphov till en kronisk infektion hos djuren som, kan förbli latent och tidvis aktiveras. En insjuknad sugga kan utsöndra rikliga mängder bakterier särskilt i samband med kastning eller grisning och under brunsten. Hos galtar orsakar infektionen inflammation i testikeln eller prostatan och bakterien kan utsöndras i rikliga mängder med sperman och urinen. Människan kan infekteras då hon hanterar döda infekterade vildsvin eller slaktkroppar från vildsvin. Hos människan är infektioner orsakade av bakterien B.suis bv 2 ändå sällsynta. Brucellabakterien förintas i kött som upphettas så att det blir helt genomstekt. Sjukdomsutbrott orsakade av B.suis bv 2 bland produktionssvin har inrapporterats i några europeiska länder såsom Lettland, Ungern och Schweiz. I Finland har bakterien aldrig konstaterats hos produktionssvin.

Ytlig hudnekros som inte tidigare inrapporterats bland sjuka laxar i Torne älv – en orsak till laxdödligheten
Specialforskare, VMD Perttu Koski, djursjukdomsbakteriologi och patologi

Bland de uppvandrande moderfisklaxarna i Torne älv har de senaste åren observerats ökad dödlighet som huvudsakligen beror på stark vattenmögelsjuka efter blödningar och ytliga infektioner. Flera faktorer, såsom mekaniska skador som fångstredskap och sälar orsakat och till sin etiologi okända ytliga infektioner bildar en infektionsport för svampinfektioner. I undersökningarna år 2016 konstaterades ytliga förändringar hos 62 moderfiskar.

Hos 14 av dem observerades i fikssjukdomslitteraturen tidigare icke rapporterade nekrotiska förändringar i hudens ytskikt. I de lindrigaste fallen – uppenbarligen i ett tidigt stadium av förändringen – hade den ytliga cellvävnaden i hudens epidermis (överhuden) gått i nekros. Nekrosen avancerar djupare in i epidermis och infektionen når dermis (läderhuden) och orsakar ett öppet sår. I förändringen kan inte skönjas några infektionsceller innan såret nått dermis. Senare kan svamp- och bakterieflora jämte inflammatoriska förändringar skönjas i skadorna. Vad som orsakar nekrosen är inte känt, men de kunde röra sig om till exempel hormonella förändringar som hänför sig till att fisken bereder sig på leken.

Hur växtproduktionens regionala och tidsmässiga fördelning inverkar på risken för skadegörare
Specialforskare Juha Tuomola, riskvärdering

Risken att invasiva växtskadegörare förekommer ökar då samma växt år efter år odlas på samma åkrar och åkrarna ligger nära varandra. Vi har tagit fram en enkel metod som bygger på geografisk information och som utgående från det hur odlingsväxten regionalt fördelar sig och hur odlingen upprepas identifierar de områden där risken att nya växtskadegörare förekommer har ökat. Som utgångsinformation i metoden används öppet tillgänglig information om åkrarnas lägen och odlingsväxterna under olika år.  Resultaten av utvärderingarna har publicerats i form av lättanvända kartor för växthälsomyndigheterna. Av kartorna kan man identifiera de områden, där det borde fästas särskild uppmärksamhet vid riskhanteringen. Metoden möjliggör en effektivare och en mer ekonomisk inriktning av riskhanteringen inom växthälsan än tidigare.

Livsmedel 
Ordförande forskare Petra Pasonen, riskvärdering.

INNUENDO-projektet: helgenomsekvensering i uppföljningen av livsmedelsburna sjukdomsalstrande bakterier
Specialforskare Anniina Jaakkonen, mikrobiologi

Helgenomsekvenseringen (WGS) av livsmedelsburna bakterier har blivit ett viktigt strategiskt mål i folkhälsoarbetet världen över, men ibruktagandet av tekniken fördröjs av avsaknaden på gemensamma IT-system och mikrobiologernas bristande kompetens i att ta i bruk ny teknik. I projektet INNUENDO tas fram en mjukvaruplattform och ett kommunikationsprotokoll för WGS-baserad epidemiutredning beaktande särskilt små länders begränsade resurser. I plattformen utnyttjas genomjämförelse som bygger på allelskillnader och som möjliggör en gemensam nomenklatur (wgMLST) och för det ändamålet kalibreras den genetiska skillnaden i projektet för varje enskild bakterie (STEC, kampylobakter, yersinia och salmonella). Utöver genomjämförelsen analyseras flexibelt till exempel virulens- och resistensgener på plattformen. I projektet skapas också ett automatiskt arbetsflöde för kvalitetssäkring av sekvenssamlingen före analyserna och plattformens funktionsduglighet valideras så att man simulerar en nationell och internationell epidemiutredning.

Metrologin som krävs vid livsmedelsforskning i centrum för forskningsinfrastrukturen: PRO-METROFOOD
Specialforskare Tiina Ritvanen, kemi

PRO-METROFOOD är ett ettårigt europeiskt Horizon2020-finansierat projekt inom vilket man för METROFOOD-forskningsinfrastrukturen till den nivån att det kan godkännas som ett aktivt projekt i ESFRI:s Vägkarta 2018. I projektet utarbetas strategier på medellång och lång sikt, skapas en organisationsram för forskningsinfrastrukturen och planeras framtida stadier. I projektet testas också forskningsinfrastrukturens beredskap att producera tjänster. Evira deltar i flera arbetspaket. Vi har arrangerat nationella intressentgruppsmöten, deltagit i skapandet av forskningsinfrastrukturens uppbyggnad och planerat en användarstrategi. Forskningsinfrastrukturerna stärker sina medlemmars möjligheter till internationalism och ger metoder att göra den egna verksamheten mångsidigare.

Vad berättar sockerarterna i honung om honungens ursprung
Specialforskare, LVD Helena Pastell, kemi

Honung består huvudsakligen av olika sockerarter som utgör 95 % av honungens torrvikt. Summan av de vanligaste sockerarterna i honung, glukos och fruktos, borde enligt Europeiska kommissionen i blomhonung vara minst 60 g/100 g och i bladhonung 45 g/100 g. Relationen mellan mängderna glukos och fruktos varierar i sorthonung som härstammar från olika växter, men den är inte tillräckligt stabil och tillförlitlig för bestämning av honungens botaniska ursprung. Utöver glukos och fruktos förekommer i honung i mindre halter också en stor mängd mono-, di- och trisackarider (bl.a. fucitol, fukos, ramnos, sackaros, trehalos, kojibios, malezitos, b-gentiobios, nigeros, turanos, maltos, isomaltos, panos, 1-kestos och raffinos). Halterna av dessa sockerarter varierar i sorthonung och de kunde vara till hjälp vid utredning av honungens botaniska ursprung. I denna undersökning utreddes olika sorthonungs (bovete-, ljung-, maskros-, lingon-, lind-, hjortron-, klöver-, jättebalsamin-, dunört- och bladhonungens) typiska sockerprofiler med hjälp av en vätskekromatografisk metod (HPAEC-PAD). Preliminära resultat visar att det åtminstone för en del sorthonung vore möjligt att finna en för sorten typisk sockerprofil som kunde utnyttjas bl.a. i uppdagandet av honungförfalskningar.

Utvärderingen av de skadliga ämnena vid gödsling av odlingsväxter med flytgödsel
Forskare Ville Välttilä, riskvärdering

Slammen från avloppsreningsverken innehåller näringsämnen som kan utnyttjas vid gödsling av odlingsväxter. I projektet PProduct är man intresserade av att sluta näringsomloppet särskilt för fosforns del. Slammen innehåller ändå också skadliga ämnen såsom bromerade flamskyddsmedel (såsom PBDE). Föreningarna som tillsatts i marken med slammaterialet kan ackumulera i växterna som används som föda. I undersökningen utreddes halten skadliga ämnen i slamprodukter och marken jämte havre. Föreningarnas ackumulering i odlingsväxterna utvärderas med hjälp av statistisk modellering.

Antibiotikaresistensen på gårdar med nötkreatur - mikrobiologiska resultat av NAMI-projektet
Specialforskare Maria Nummela, mikrobiologi

I Finland är användningen av antibiotika för produktionsdjur under kontroll och djuren behandlas enbart i vårdsyfte. Under behandlingarna utsöndras ändå antibiotika och ofta också resistenta bakterier i dyngan. För närvarande sprids merparten av dyngan obehandlad ut på åkern, men i framtiden kommer återvinnandet och processandet av dyngan att öka i Finland. I projektet NAMI som genomfördes i form av ett Lynet-samarbete utreddes bakteriernas och antibiotikaresternas kretslopp i dyngkedjan på gårdar med mjölkboskap. Det utreddes också vilken inverkan ett processande av dyngan har på resistenta indikatorbakterier och antibiotikarester.