2016

13.10.2016 Eviran Tiedepäivä

Eläintaudit
Puheenjohtajana erikoistutkija, FT Riikka Holopainen, eläintautivirologian tutkimusyksikkö.

Mycoplasma bovis
erikoistutkija, ELT Tiina Autio, eläintautibakteriologian tutkimusyksikkö
Mycoplasma bovis on merkittävä nautojen taudinaiheuttaja. Ensi kerran tartunta todettiin Suomessa vuoden 2012 lopussa. Tartunta on tällä hetkellä levinnyt noin 100 karjaan, joista kolmasosa on lypsykarjoja. Tutkimushankkeessa Mycoplasma bovis -tartunnan vaikutukset ja vastustus suomalaisessa nautakarjataloudessa tutkitaan mm. taudinkulkua 20 lypsykarjatilalla. Tärkeimpänä riskitekijänä tartunnalle pidetään uusien eläinten tuloa tilalle. Useilla tiloilla on hankittu ostoeläimiä tai välitysvasikoita tai käytetty ulkoista hiehokasvatusta tai tautisuojaus on ollut puutteellinen. Muutamalla tilalla yhden sonnin sperma on mahdollinen tartunnan lähde.

Naudan hengitystiepatogeenien antibioottiresistenssi
erikoistutkija Tarja Pohjanvirta, eläintautibakteriologian tutkimusyksikkö
Evira on seurannut vajaan kahden vuoden ajan naudan hengitystietulehduksia aiheuttavien bakteereiden Pasteurella multocida, Mannheimia haemolytica- ja Histophilus somni -antibioottiresistenssiä nestelaimennosmenetelmällä. Eniten esiintyy oksitetrasykliini- (4,5 % tutkituista kannoista v. 2015) ja penisilliiniresistenssiä (2 % tutkituista kannoista v. 2015). Resistenssi on M. haemolytica -bakteererissa huomattavasti yleisempää kuin P. multocida -bakteereissa, kun taas kaikki tutkitut H. somni -kannat ovat herkkiä. Näytteitä lähettäneistä lihantuotantosuunnan tiloista resistenttejä bakteerikantoja esiintyi lähes 10 prosentilla tiloista kun maidontuotantotiloilla vastaava luku oli 1,2 % vuonna 2015.

Tarttuvaa haimakuoliotautia (IPN) aiheuttavien viruskantojen geneettinen monimuotoisuus suomalaisilla kalanviljelylaitoksilla
erikoistutkija, FT Riikka
Holopainen, eläintautivirologian tutkimusyksikkö
Kalojen tarttuva haimakuoliotauti IPN on helposti tarttuva virustauti, joka aiheuttaa sairastavuutta ja kuolleisuutta erityisesti nuorissa lohikaloissa. Suomessa IPN-viruksia on todettu vuosittain tautiseurannan yhteydessä merialueiden ja vuodesta 2012 alkaen myös sisävesistöjen kalanviljelylaitoksilla. Vuosina 2000 - 2015 eristettyjen virusten perimää tutkittiin sekvensoimalla. Tulosten perusteella Suomessa esiintyy kolmeen eri genoryhmään kuuluvia IPN-viruksia: sisävesistöissä genoryhmän 2 ja merialueilla genoryhmien 2, 5 ja 6 viruksia.

Siipikarjavirusprojekti - Luonnonlintujen virukset siipikarjatilojen lähistöllä
erikoistutkija Niina Tammiranta, eläintautivirologian tutkimusyksikkö
Makera-rahoitteisessa tutkimushankkeessa kartoitetaan luonnonlintujen viruskuormaa ja sen aiheuttamaa uhkaa siipikarjatiloille sekä harrastesiipikarjalle. Lisäksi selvitetään siipikarjassa taudinpurkauksia aiheuttaneiden virusten alkuperää molekyyliepidemiologisin keinoin ja kehitetään menetelmiä siipikarjan virusdiagnostiikkaan. Hankkeessa on tutkittu rengastajien luonnonlinnuista siipikarjatilojen lähistöltä ottamia näytteitä, naakkojen ulostenäytteitä sekä lintuinfluenssaseurantaa varten otettuja näytteitä. Tutkimustulosten analysointi on vielä kesken, mutta löydökset ovat olleet pääasiassa koronaviruksia. Lisäksi on tehty koko genomin sekvensointia useista viruksista. Tutkimushanke on alkanut vuonna 2015 ja kestää vuoteen 2018 asti.

Jyrsijämyrkyt luonnon petoeläimissä
erikoistutkija, FT, dos. Pertti Koivisto, kemian ja toksikologian tutkimusyksikkö
Tutkimuksessa selvitettiin antikoagulanttijyrsijämyrkkyjen esiintymistä jyrsijöitä tai niiden raatoja syövissä eläimissä, jotka eivät ole myrkkyjen kohdelajeja. Jyrsijämyrkyt voivat siirtyä myrkkyä syöneiden jyrsijöiden välityksellä niitä syöviin petoeläimiin. Havainnot vastasivat yleisesti ottaen melko hyvin tehoaineiden myyntimääriä. Jyrsijämyrkyt on Suomessa hyväksytty vain biosidikäyttöön, eli niiden käyttö kasvisuojeluaineina esimerkiksi pelloilla ei ole täällä sallittu. Tulokset osoittavat, että myös pelkkä biosidikäyttö altistaa petoeläimiä jyrsijämyrkyille. Raportti vuodelta 2015 on saatavilla TUKESin internetsivuilta.

Elintarvikkeet
Puheenjohtajana erikoistutkija, ELT Annukka Markkula, elintarvike- ja rehumikrobiologian tutkimusyksikkö.

Resistenssiseuranta elintarvikeketjussa
erikoistutkija, ELT Satu Olkkola, elintarvike- ja rehumikrobiologian tutkimusyksikkö
Eviran elintarvike- ja rehumikrobiologian tutkimusyksikön antibioottijaostossa tutkitaan FINRES-Vet resistenssiseurantaohjelman sekä kansallisten valvontaohjelmien puitteissa tuotantoeläimistä eristettyjä indikaattori- ja zoonoosibakteereita sekä tiettyjä eläinpatogeeneja. Lisäksi seurataan mm. laajakirjoisia beetalaktamaaseja tuottavia bakteereiden sekä MRSA-kantojen esiintymistä. Tutkimukset perustuvat EU-lainsäädäntöön ja lisäksi seurantaa tehdään myös kansallisilla päätöksillä. Monitoroinnin tarkoituksena on seurata pitkällä tähtäimellä antibioottiresistenssitilannetta ja sen kehitystä suomalaisessa kotieläintuotannossa.

Resistenssitilanne on Suomessa ollut perinteisesti hyvä, mutta myös antibiooteille vastustuskykyisiä kantoja on löytynyt. Esimerkiksi broilereiden, sikojen ja nautojen kampylobakteerikannoissa on esiintynyt joinain vuosina suhteellisen paljon fluorokinoloniresistenssiä, ja sioista on löytynyt MRSA-kantoja. Laajakirjoisia beetalaktamaaseja tuottavia E. coli-kantoja on löytynyt maahantuoduista siipikarjaparvista, ja niitä löytyy läpi suomalaisen broilerintuotantoketjun.

Resistenssiseurannasta julkaistaan säännöllisin väliajoin FINRES-Vet-raportteja ja seuraava (vuosien 2013 - 2015 tulokset) on parhaillaan työn alla.

Taudinaiheuttajabakteerit raakamaidossa
erikoistutkija, FT Marjaana Hakkinen, elintarvike- ja rehumikrobiologian tutkimusyksikkö
Vuosina 1997 - 2015 on raportoitu 15 raakamaidon tai siitä valmistettujen tuotteiden välittämää epidemiaa, joissa tartunnanaiheuttajina ovat olleet mm. Campylobacter jejuni, Yersinia pseudotuberculosis ja shigatoksinen Escherichia coli O157 (STEC O157). Epidemioiden selvityksen yhteydessä sekä taudinaiheuttajien esiintymistä raakamaidossa selvittäneessä projektissa on todettu, että indikaattoribakteerien määrä raakamaidossa ei paljasta, onko maidossa mahdollisesti taudinaiheuttajia. Riskinhallintatoimilla voidaan vähentää STEC-bakteerien esiintymistä lypsykarjassa ja siten pienentää maidon saastumisriskiä. Kampylobakteerien esiintymiseen riskinhallintatoimilla ei näytä olevan vaikutusta. Raakamaidon saastumisriski on aina olemassa, vaikka riskiä voidaan pienentää hyvällä navetta- ja lypsyhygienialla.

Oiva-järjestelmän arviointituloksia
tutkija, FT Peppi Haario, riskinarvioinnin tutkimusyksikkö
Esityksessäni käyn läpi elintarvikevalvontatietojen julkistamisjärjestelmä Oivaan liittyviä arviointituloksia. Keväällä 2016
toteutettiin Oiva-järjestelmää koskeva kysely kuluttajille, elintarvikevalvontaviranomaisille sekä lihavalmiste- ja kala-alan laitosten yrittäjille. Tavoitteena oli tuottaa tietoa avoimuuden lisääntymisen vaikutuksista ja selvittää valvonnan vaikuttavuutta sekä sitä, yhtenäistyykö lainsäädännön noudattaminen ja kannustaako elintarvikevalvontatietojen
julkistaminen yrityksiä oman toiminnan parantamiseen. Lisäksi tavoitteena oli selvittää, käyttääkö kuluttaja julkistettuja valvontatietoja hyväkseen ja vaikuttavatko ne kuluttajan tekemiin päätöksiin.

Pohjoismainen kampylobakteeri-lähteiden arviointi
erikoistutkija, FT, dos. Jukka Ranta, riskinarvioinnin tutkimusyksikkö
Hankkeessa tutkittiin aiempien tartuntalähteiden arviointimallien soveltuvuutta MLST-tyypitykseen perustuvaan pohjoismaiseen aineistoon kampylobakteereista, sekä kehitettiin tähän soveltuvia mallinnusratkaisuja.
Verkostoprojektissa olivat mukana Tanska (koordinaattori), Ruotsi, Norja ja Suomi. Yksivuotinen projekti päättyy marraskuussa Tanskassa järjestettävään työpajaan

DNA viivakoodaus elintarvikkeiden aitoustutkimuksissa
erikoistutkija, FT, dos. Annikki Welling, kemian ja toksikologian tutkimusyksikkö
Erilaisia DNA-menetelmiä elintarvikkeiden aitouden tutkimiseksi kehitetään koko ajan. DNA-menetelmät sopivat erityisen hyvin sellaisiin tapauksiin, joissa halutaan selvittää mistä eläin- tai kasvilajista elintarvike koostuu tai on peräisin. DNA-viivakoodaus on tehokas menetelmä, jolla pystytään selvittämään elintarvikkeessa käytetty tuntematon ainesosa. Menetelmä toimii siten, että näytteestä eristetään DNA ja siitä monistetaan PCR:n avulla lyhyt genominen alue, joka sekvensoidaan. Sekvenssiä verrataan geenidatapankissa oleviin sekvensseihin lajin tunnistamiseksi. Menetelmää voidaan käyttää vain silloin kun näytteestä pystytään eristämään DNA:ta, eli sitä ei voida käyttää esimerkiksi hyvin pitkälle prosessoitujen tuotteiden analyysiin, koska niissä oleva DNA on hajonnut. Lisäksi kyseessä olevasta lajista täytyy olla sekvenssitietoa geenidatapankissa. Kun kyse on monimutkaisesta elintarvikkeesta, jossa on useaa ainesosaa sekaisin, eri ainesosien analysointiin tarvitaan ns. meta-viivakoodausta. Siinä sekvensoidaan kaikki elintarvikkeessa olevat lajit käyttäen uusia kokogenomisekvensointitapoja. Evirassa DNA-viivakoodausmenetelmää on käytetty esimerkiksi Komission koordinoimassa valvontaohjelmassa, jossa tutkittiin markkinoilla olevien kalalajien oikeellisuutta.